Namun, Moeldoko dengan tegas membantah tudingan tersebut. Dia menganggap tudingan tersebut tidak masuk akal dan mengaku tidak pernah bekerja sama dengan kelompok yang dikatakan salah.
Mantan Panglima TNI ini merasa bahwa tuduhan tersebut tidak memiliki dasar yang kuat dan berusaha melindungi kelompok yang salah.