Di tengah situasi makin memanas, Yahya membalas langkah Syuriah dengan mencopot Syaifullah Yusuf dari kursi Sekretaris Jenderal PBNU. Posisi itu segera ia isi dengan menunjuk Amin Said Husni.
Konflik internal PBNU kini bukan hanya soal perbedaan pandangan, tetapi sudah menyerempet drama ancaman, intrik, dan tarik-menarik legitimasi yang membuat organisasi besar ini seperti memasuki babak baru. Yahya mengaku diteror, Syuriah mengambil langkah pemecatan, dan kubu pendukungnya melakukan perlawanan balik. Situasi ini menunjukkan bahwa dinamika di tubuh PBNU tengah berada dalam salah satu fase paling panas dalam sejarah modernnya.